All'ultimo piano di Palazzo Bellini hanno sede gli spazi destinati alla conservazione e alla consultazione del fondo archivistico locale.
L'Archivio Storico Comunale conserva in modo sistematico la documentazione prodotta dal Comune di Comacchio a partire dal XVI secolo.
Comacchio, diversamente da altre città, non può vantare dotazione di documentazione tardomedievale, ciò è presumibilmente da addebitare sia alle distruzioni subite dalla città nel corso dei secoli e alle dispersioni di archivi cittadini a seguito di incendi, saccheggi o soppressioni sia alle vicende politico-istituzionali, alle forme di economia della città e del suo territorio e alle condizioni ambientali in cui si sono realizzate.
Il primo riordino di cui si ha notizia dell'archivio comunale di Comacchio risale al 1779 ed è dovuto all'intervento di G. Luigi Merenda che compilò, su ordine del cardinale legato, l'Inventario generale di tutti li libri, filze, scritture e documenti esistenti nell'archivio della Comunità di Comacchio.
Successivamente a questo intervento non risulta siano state compiute sistematiche operazioni di riordino e attualmente l'archivio è consultabile tramite gli elenchi per serie compilati nel corso degli anni Ottanta.
Sono attualmente in corso le operazioni di censimento della documentazione archivistica prodotta o conservata dal Comune di Comacchio allo scopo di definire un intervento organico di inventariazione e riordino che consenta la valorizzazione del patrimonio archivistico posseduto dal Comune. A seguito delle operazioni di censimento, denominazioni delle serie, consistenze ed estremi cronologici potrebbero subire modifiche, pertanto i dati attualmente forniti sono da considerare provvisori.
Nell'ambito dei progetti speciali promossi dall'Amministrazione comunale di Ferrara per l'anno 2000, il Servizio Biblioteche e Archivio storico diede avvio ad un'iniziativa di diffusione dell'informazione archivistica in rete, presentando sul web i patrimoni documentari conservati nell'Archivio storico comunale e nell'Archivio storico diocesano della città.
Allo stato presente il progetto immette in rete, sotto forma di portale archivistico provinciale, le informazioni relative agli Archivi storici dei Comuni di Ferrara, Argenta, Bondeno, Cento, Codigoro, Comacchio, Copparo, Lagosanto, Migliarino affiancate dalla presentazione delle fonti conservate nell'Archivio Storico della Curia arcivescovile di Ferrara e Comacchio, nell'Archivio Storico del Consorzio di Bonifica del I Circondario Polesine di Ferrara, nell'Archivio Storico dell'Università di Ferrara e nell'Archivio della Lega Provinciale delle Cooperative e Mutue. Una scheda informativa ragguaglia altresì sui fondi archivistici dell'Amministrazione Provinciale di Ferrara, depositati presso il locale Archivio di Stato